Shirou Emiya fez sua escolha: continuar lutando e proteger Sakura Matou. Devido à participação de Zouken Matou na Guerra do Santo Graal e à convocação do Servo True Assassin, as coisas começam a se distorcer, piorando dia após dia. Decidido a proteger Sakura e não traí-la, Shirou se recusa a deixar a batalha. Enquanto Sakura se preocupa com Shirou, ela também se vê envolvida em seu próprio destino como maga. No entanto, seus desejos estão prestes a ser esmagados pela misteriosa sombra negra que cobre a cidade, matando Mestres e Servos um a um...