Shirou perdeu sua Serva, Saber, e não é mais um Mestre na Guerra do Santo Graal. Apesar disso, ele se recusa a abandonar a batalha, determinado a proteger Sakura. Enquanto isso, uma sombra misteriosa envolve a cidade, matando Mestres e Servos um por um. Enquanto Shirou enfrenta novos perigos, Sakura é levada cada vez mais fundo em seu próprio destino como maga.